Dinas Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak Kota Baubau dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Nomor 2 Tahun 2021 tentang Perubahan atas Peraturan Daerah Kota Baubau Nomor 5 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kota Baubau, dan Peraturan Walikota Nomor 47 tahun 2021 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Dinas Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak Kota Baubau.

Pada Tahun 2016, Dinas Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak Kota Baubau dipimpin oleh Kepala Dinas pertama yaitu Ibu Wa Ode Soraya, S.E., M.Si hingga bulan Agustus 2021. Hingga saat ini, DP3A Kota Baubau dipimpin oleh bAPAK aBDUL rAHMAN, S.Pd., M.Si.

Sebelum terbentuknya Dinas Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak Kota Baubau, awalnya sebagian besar Pegawai DP3A merupakan pegawai dari hasil peleburan Badan Pemberdayaan Masyarakat (BPM) Kota Baubau.